Одсек за епизоотиологију обавља послове који се односе на:
- учестовање у припреми дугорочне стратегије, програма мера и посебних програма здравствене заштите домаћих и дивљих животиња;
- сертификацију газдинстава слободних од заразних болести животиња;
- праћење извршења Програма мера здравствене заштите животиња и посебних програма здравствене заштите;
- праћење и вођење евиденције о појави и престанку заразних и паразитских болести животиња, зооноза и антимикробне резистенције код животиња и предузетим мерама;
- управљање информационим системом здравствене заштите животиња;
- праћење епизоотиолошке ситуације;
- успостављање система сертификације газдинстава слободних од заразних болести животиња и праћење реализације програма ради добијања статуса Републике слободне од заразних болести животиња;
- учествовање у припреми и реализацији пројеката из области здравствене заштите;
- обавља и друге послове из ове области.