Одсек за епизоотиологију обавља послове који се односе на:
учестовање у припреми дугорочне стратегије, програма мера и посебних програма здравствене заштите домаћих и дивљих животиња;
сертификацију газдинстава слободних од заразних болести животиња;
праћење извршења Програма мера здравствене заштите животиња и посебних програма здравствене заштите;
праћење и вођење евиденције о појави и престанку заразних и паразитских болести животиња, зооноза и антимикробне резистенције код животиња и предузетим мерама;
управљање информационим системом здравствене заштите животиња;
праћење епизоотиолошке ситуације;
успостављање система сертификације газдинстава слободних од заразних болести животиња и праћење реализације програма ради добијања статуса Републике слободне од заразних болести животиња;
учествовање у припреми и реализацији пројеката из области здравствене заштите;
обавља и друге послове из ове области.